Ez a szerepjáték a Pokémon Mystery Dungeon nevezetű játéknak és az anime speciális epizódnak elemeit dolgozza fel. A helyszínek fiktívek, azaz nem az általunk kitaláltak, hogy ne bonyolítsuk a szálakat. A lényege ugyanaz, mint az alapoknak: mentőcsapatok próbálják fenntartani a pokémonok világának békéjét, amiben ismét úrrá lett a káosz. Rejtélyes gonosz erők fertőzték meg a vad pokémonok elméjét, amik most már azt hiszik, a városokba verődött fajtársaik betolakodók a maguk területén. A három ősi muskétás, Cobalion, Terrakion és Virizion már nem segíthetnek. Miután megütköztek a meteorból lezuhanó, pokémonevő Kyurem-el, sziklaszobrokká válva mély álomba merültek. Őket azóta hősként tisztelik és a szobrok köré szentélyt építettek. De úgy tűnik, az ördögi sárkány pokémon legyőzésével a világ nem menekült meg örökké. Ezúttal a pokémonokból alakult mentőcsapatoknak össze kéne fognia, ahelyett, hogy rivalizálnának. De mi lehet az oka az egyensúly megbomlásának...?
